Crédit d'impôt recherche et sous-traitant agréé

La cour administrative de Versailles vient de se prononcer : une société agréée pour faire de la recherche et développement ne peut pas bénéficier du crédit impôt recherche sur les dépenses engagées lors de travaux confiés par ses donneurs d’ordre.

Dans la pratique, avant la décision

Dans les faits, l’article 244 quater B prévoit que les entreprises faisant appel à des sous-traitants agréés peuvent réintégrer les factures de ces mêmes sous-traitants dans leur base de calcul du crédit d’impôt recherche, sous réserve de respecter les plafonds en vigueur (2 millions d’euros par an dans le cas général).

Pour éviter que des travaux ne bénéficient à deux reprises du CIR, la loi prévoyait également (au même titre que les subventions publiques) que les sommes reçues par les sous-traitants devaient faire l’objet d’une réintégration dans leur base de crédit d’impôt recherche.

Les instructions permettaient cependant aux organismes de recherches de reprendre pour leur compte les dépenses engagées dans le calcul de leur CIR si les dépenses engagées n’étaient pas reprises par le donneur d’ordre. C’est cette deuxième partie qui a été infirmée par la cour administrative de Versailles. Les sociétés sous-traitantes seraient donc dans l’obligation de retraiter de leur base les sommes perçues pour des opérations de recherche, et ce, même si elles ne sont pas reprises dans les bases de calcul du donneur d’ordre.

Les conséquences de cette décision

La récente prise de position de la cour d’appel a eu pour impact le non renouvellement, voir l’abrogation de l’agrément de recherche pour un certain nombre d’entreprises. La part de sous-traitance excédant les plafonds chez le donneur d’ordre était probablement, dans la pratique, inclue dans la négociation sur le prix de ces mêmes prestations, puisqu’elle pouvait faire l’objet d’une reprise dans les bases de calcul du sous-traitant.

Pour limiter cette possibilité, l’administration a indiqué, le 4 avril 2014, que le prestataire agréé n’était en mesure de ne pas déduire les sommes perçues au titre des opérations de R&D de son propre calcul seulement si le donneur d’ordre ne pouvait pas bénéficier du crédit d’impôt recherche (et non plus pour dépenses excédant les plafonds).

Le régime du CIR, si attractif, est donc mis à mal par les récentes positions de l’administration. Espérons qu’en vertu de la logique selon laquelle des dépenses ne peuvent bénéficier deux fois du CIR, l’administration reviendra sur sa position pour permettre à des dépenses non reprises de bénéficier également de l’aide.